Στην τρίτη φάση διεξαγωγής των αγώνων συμμετέχουν οι νικήτριες ομάδες της προηγούμενης (β’) φάσης και θα προστεθούν οι ομάδες, της Α1 Ερασιτεχνικής κατηγορίας και οι ερασιτεχνικές ομάδες των Π.Α.Ε. που συμμετέχουν στα πρωταθλήματα αρμοδιότητας της Ένωσης. Οι αγώνες αυτοί (μεταξύ των ομάδων της Α1, Α΄ κατηγορίας και των Ερασιτεχνικών ομάδων των Π.Α.Ε. και ξεχωριστά μεταξύ των ομάδων της Β΄ - Γ΄ κατηγορίας) θα οριστούν ημέρα Τετάρτη με απόφαση της Επιτροπής Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων και θα είναι επίσης νοκ - άουτ.
Στην τέταρτη φάση διεξαγωγής των αγώνων συμμετέχουν οι νικήτριες ομάδες της προηγούμενης (γ’) φάσης και θα προστεθούν και οι ομάδες της Γ’ Εθνικής Ερασιτεχνικής κατηγορίας. Οι αγώνες αυτοί (μεταξύ των ομάδων της Γ’ Εθνικής Ερασιτεχνικής κατηγορίας, Α1, Α΄ κατηγορίας και των Ερασιτεχνικών ομάδων των Π.Α.Ε. και ξεχωριστά μεταξύ των ομάδων της Β΄ - Γ΄ κατηγορίας) θα οριστούν ημέρα Τετάρτη με απόφαση της Επιτροπής Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων και θα είναι επίσης νοκ - άουτ.