Ο Αλέξης Κούγιας ασχολήθηκε πολύ ενεργά με την καταγγελία του Ολυμπιακού στην ΕΕΑ για την υπόθεση πολυιδιοκτησίας των ΠΑΕ ΠΑΟΚ και Ξάνθη.
Ενώ τώρα υποστηρίζει ότι αποτελεί αδίκημα και πως πρέπει οι εμπλεκόμενες ομάδες να τιμωρηθούν, στις 21 Ιουλίου του 2018 και με αφορμή την τότε είσοδο του υιού του, Χρήστου, στον Ιωνικό, ο ιδιοκτήτης της ΑΕΛ είχε δώσει συνέντευξη στον Sport24 Radio και είχε αναφέρει πως δεν θεωρεί ότι η πολυιδιοκτησία είναι παράπτωμα.
«Ο καθένας μπορεί να λέει ό,τι θέλει. Η ζωή εξελίσσεται. Μην ξεχνάτε πόσες ομάδες έχουν πολυιδιοκτησία. Αυτό είναι κλασικό στο εξωτερικό. Η οικογένεια Ανιέλι πόσες ομάδες έχει; Η Ρεάλ Μαδρίτης πόσες ομάδες έχει στην Ισπανία; Δηλαδή η Ράγιο Βαγιεκάνο τι είναι; Επειδή δεν το λένε;», είχε σημειώσει, ενώ τον γιο του που θα αναλάμβανε την προεδρία του Ιωνικού είπε:
«Έχω ένα γιο που εξελίσσεται. Θέλω να μην είναι μόνο καλός γιος, θέλω να είναι και μάγκας. Μάγκας γίνεσαι μόνο μέσα από την επαφή με την κοινωνία. Είναι πρόεδρος στο Κολλέγιο, στην τάξη του, έχει επαφή με τον αθλητισμό, παίζει μπάσκετ. Είναι βάζελος βέβαια. Δεν είπαμε ότι θα κάνει το κουμάντο στον Ιωνικό. Υπάρχουν άνθρωποι εκεί που μπορούν να σου λύσουν τα χέρια. Ο νυν πρόεδρος είναι φανταστικό παιδί. Θα είμαι εγγυητής αυτής της προσπάθειας και θα βγει κάτι όμορφο.»