Την ενοχή του πατέρα Αντωνίου, εμπνευστή της «Κιβωτού του Κόσμου», όπως και τεσσάρων συνεργατών του, πρότεινε η εισαγγελέας του Τριμελούς Εφετείου Πλημμελημάτων Αθηνών. Σε δεύτερο βαθμό, η δίκη αφορά καταγγελίες για σωματικές κακοποιήσεις, τιμωρητικές πρακτικές και αυταρχικές μεθόδους σε δομές της οργάνωσης.
Η εισαγγελέας ζήτησε, μεταξύ άλλων, την καταδίκη των πέντε προσώπων για σειρά περιστατικών, προτείνοντας παράλληλα απαλλαγές για ορισμένες κατηγορίες - κυρίως όσες σχετίζονται με τη δομή της Χίου. Πάντως, για δύο κατηγορούμενους που συνδέονται με τη συγκεκριμένη δομή εισηγήθηκε πλήρη αθώωση. Όπως αναφέρει το dikastiko.gr, η εισαγγελέας, στην αγόρευσή της, περιέγραψε τον πατέρα Αντώνιο ως το πρόσωπο που είχε τον απόλυτο έλεγχο της «Κιβωτού» και πως «δεν γινόταν τίποτα χωρίς να το γνωρίζει».