Για τη δολοφονία του αδελφού του από τον ίδιο, ενώ ήταν και οι δύο ανήλικοι, μίλα στη βιογραφία του ο τέως βασιλιάς της Ισπανίας, Χουάν Κάρλος Α΄, υποστηρίζοντας ότι είναι ένα γεγονός που εξακολουθεί να τον «στοιχειώνει».
Ο τέως βασιλιάς της Ισπανίας και γνωστός λάτρης του δικτάτορα Φράνκο αναφέρει στο βιβλίο «Juan Carlos I d’Espagne: Réconciliation», με το οποίο επιχειρεί να αποκαταστήσεις τις σχέσεις με τον γιο του, ότι πυροβόλησε και σκότωσε τον αδελφό του, ενώ έπαιζαν με ένα πιστόλι, στο σπίτι τους στην Πορτογαλία, το 1956. «Δεν θα ανακάμψω από αυτή την τραγωδία. Η σοβαρότητά της θα με συνοδεύει για πάντα. Είχαμε αφαιρέσει το γεμιστήρα. Δεν είχαμε ιδέα ότι είχε μείνει μια σφαίρα στη θαλάμη. [...] Ρίξαμε μια φορά στον αέρα, η σφαίρα εξοστρακίστηκε και χτύπησε τον αδελφό μου ακριβώς στο μέτωπο. Πέθανε στην αγκαλιά του πατέρα μας», ισχυρίζεται ο ίδιος.
Μάλιστα, τα δημοσιεύματα της εποχής για το περιστατικό ήταν διάφορα, με έναν από τους ράφτες της πριγκίπισσας Μαρία ντε λας Μερσέδες να δηλώνει τότε ότι ο Χουάν Κάρλος σημάδεψε με το πιστόλι τον Αλφόνσο και πυροβόλησε χωρίς να γνωρίζει ότι ήταν γεμάτο, ενώ άλλοι ανέφεραν ότι τον πυροβόλησε ενώ καθάριζε ένα περίστροφο που του είχε δώσει ο ίδιος ο Φράνκο. Ωστόσο, μέχρι σήμερα δεν έγινε καμία δικαστική έρευνα για το συμβάν, το οποία διατάραξε βαθύτατα τη σχέση του με τον πατέρα του, ο οποίος τον έβαλε να ορκιστεί ότι δεν το έκανε επίτηδες.
Μετά την τραγωδία, ο Χουάν Κάρλος Α΄ επέστρεψε κακήν κακώς στη στρατιωτική ακαδημία, ενώ ο Χουάν ντε Μπορμπόν πέταξε το πιστόλι στη θάλασσα. Ο Χουάν Κάρλος στάλθηκε πίσω στη στρατιωτική ακαδημία, όπου φοιτούσε έχοντας διαλύσει τη σχέση με τον πατέρα του. «Υπάρχει ένα “πριν” και ένα “μετά”. [...] Αν δεν είχε πεθάνει, η ζωή μου θα ήταν λιγότερο σκοτεινή, λιγότερο δυστυχισμένη», υποστηρίζει ο ίδιος.
